Há diversas ferramentas para se construir programas nas mais diversas linguagens. A mais clássica delas é o make, sendo o GNU make sua implementação mais conhecida. Entretanto, há diversas outras alternativas, cada uma com seus prós e contras.
Make
Sistema de construção clássico. Sua sintaxe e estilo são a fundação de certos utilitários que vem com compiladores C: gmake no caso de usuários do gcc e nmake para o Microsoft Visual Studio.
Veja makefile
Cmake
Sistema de construção com linguagem própria e que gera arquivos de construção específicos para uma plataforma/IDE
Premake
Sistema de construção que usa lua como linguagem para construção dos arquivos make. Similar ao cmake o que esta ferramenta origina é um arquivo make específico para uma plataforma/IDE.
Scons
Sistema de construção que usa python como sua linguagem principal.
QMake
Sistema de construção do Qt. Ele gera makefiles para a plataforma subjacente e usa o compilador para o qual o Qt está configurado.
Incredibuild
Sistema de construção comercial, com uma versão gratuita que promete acelerar a velocidade de construção dos builds.
Link:https://www.incredibuild.com/
FastBuild
Sistema de construção opensource e gratuito que promete acelerar a velocidade de construção dos builds.
Link: http://fastbuild.org/docs/home.html
Meson
Meson é um sistema de construção que foi feito para ser rápido. Ele usa o sistema de make chamado Ninja, do Google. Sua adoção é maior por aplicativos opensource GNU/Linux. Há algumas linguagens suportadas por esta ferramenta como C/C++ e Java.
Link: https://mesonbuild.com/
Links
http://www.scons.org/wiki/SconsVsOtherBuildTools (Comparação feita no wiki da scons, uma das ferramentas de construção alternativas)
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_build_automation_software Várias ferramentas para automatizar o processo de construção de software
